Pieniny Właściwe (Środkowe) posiadają najbardziej charakterystyczną dla Pienin rzeźbę terenu. Stoki wzniesień są tam strome, zalesione, z licznie wystającymi skałkami. Przez środek Pienin Właściwych płynie Dunajec, tworząc słynny przełom. Najbardziej znanymi szczytami tej części Pienin są: Trzy Korony, Sokolica oraz Zamkowa Góra; prowadzą na nie liczne szlaki turystyczne. Ten fragment Pienin podzielono na trzy mniejsze (w nawiasach najwyższe szczyty):

* Pieniny Czorsztyńskie (Nowa Góra 902 m n.p.m.)
* Masyw Trzech Koron (Okrąglica 982 m n.p.m.)
* Pieninki (Czerteż 774 m n.p.m.)

Wyróżnia się też położoną na Słowacji Grupę Golicy, która często jest zaliczana do Małych Pienin.

Pieniny Spiskie jest to najniższa z trzech części Pienin, szczyty liczą z reguły 700 – 800 m n.p.m., wys. względne 200-350 m. Leżą jednak w całości na terenie Polski. Skałki występują znacznie rzadziej niż w Pieninach Właściwych. Nachylenie zboczy jest średnie, tylko w górnych partiach Żaru teren stromieje. Na zachodnim krańcu tego pasma rzeka Białka przepływa pomiędzy dwoma skalistymi wzniesieniami – Obłazową (670 m n.p.m.) i Kramnicą (683 m n.p.m.). Przełom ten objęto ochroną w postaci rezerwatu przyrody „Przełom Białki”. Pieniny Spiskie są najsłabiej zagospodarowane turystycznie.

Najwyższe są Małe Pieniny. Wysokość bezwzględna wzniesień zwykle osiąga 750 – 900 m n.p.m.. Względna – 250-400 m, ale rozkłada się na dość duże odległości (niezbyt duże nachylenie terenu). Dwa szczyty wznoszą się ponad 1000 m n.p.m.: Wysoka (1052 m n.p.m.) oraz Smerekowa (1014 m n.p.m.). Znajduje się tam kilka wyjątkowych miejsc pod względem przyrodniczym i turystycznym – np. Wąwóz Homole, rezerwat „Wysokie Skałki” i położony na granicy z Beskidem Sądeckim przełom Białej Wody.